Le réseau national d'évaluation de la pharmacodépendance participe à la politique de lutte contre la drogue et la toxicomanie coordonnée par la Mission Interministérielle de Lutte contre la Drogue et la Toxicomanie (M.I.L.D.T.) dont le président ou son représentant est membre de droit de la Commission nationale des stupéfiants et psychotropes (décret n°99-249 du 31 mars 1999).
L'A.F.S.S.A.P.S. évalue aussi le rapport bénéfice/risque des traitements substitutifs des pharmacodépendances majeures aux opiacés et travaille en étroite collaboration avec la Direction Générale de la Santé (DGS) sur l'amélioration des cadres de prescription des médicaments psychoactifs. Ce travail permet une meilleure adaptation de l'offre de soins aux toxicomanes tout en réduisant les risques de toxicité et d'usage détourné.